Com o início da agricultura, e consequente diminuição da dependência da caça, a necessidade de preservação dos alimentos excedentes tornou-se essencial à sobrevivência. O uso de sal como um conservante da carne e a produção de queijo foram introduzidos no próximo oriente em 3000 A.C.; a preservação de peixe e carne por fumeiro também era comum a esta data.
Contudo, somente no século XIX é que o estudo da degradação dos produtos alimentares por agentes microbianos se tornou rigoroso. Louis Pasteur estabeleceu a era moderna da microbiologia alimentar em 1857, quando demonstrou que havia microrganismos responsáveis pela decomposição do leite. Em 1960, Pasteur provou que o calor podia ser usado para controlar a presença de microrganismos contaminantes em vinhos e cervejas.
Há uma grande variedade de factores intrínsecos e extrínsecos que determinam se o crescimento microbiano irá preservar ou degradar os alimentos.
Os factores intrínsecos, relacionados com o alimento, incluem o pH, humidade, actividade ou disponibilidade da água, potencial de oxi-redução, estrutura física do alimento, disponibilidade de nutrientes e a possível presença de agentes anti-microbianos naturais.
Os factores extrínsecos, factores ambientais, incluem a temperatura, humidade relativa, presença de gases (CO2, O2) e os tipos e a quantidade de microrganismos presentes no alimento.
Por forma a melhor gerir estas potenciais fontes de contaminação e crescimento microbiano, desde o ponto de produção até à sua utilização, foi desenvolvido um sistema de Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controlo (HACCP). Este sistema enfatiza a monitorização da qualidade dos ingredientes dos produtos alimentares em pontos críticos do processo de manuseamento. Se estes passos individuais forem controlados devidamente, ir-se-á obter um produto final seguro.
Como parte deste sistema, foram estabelecidos limites microbiológicos para uma grande variedade de produtos alimentares tanto numa fase prévia como na fase de produto final.